Publications

Preprints

2025

  1. An expanded reference catalog of translated open reading frames for biomedical research
    Sonia Chothani, Jorge Ruiz-Orera, Jack A. S. Tierney, Jim Clauwaert, Eric W Deutsch, M. Mar Alba, Julie L. Aspden, Pavel V. Baranov, Ariel Alejandro Bazzini, Elspeth A. Bruford, Marie A. Brunet, Tristan Cardon, Anne-Ruxandra Carvunis, Claudio Casola, Jyoti Sharma Choudhary, Kellie Dean, Pouya Faridi, Ivo Fierro-Monti, Isabelle Fournier, Adam Frankish, Mark Gerstein, Norbert Hubner, Yunzhe Jiang, Manolis Kellis, Leron W. Kok, Thomas F Martinez, Gerben Menschaert, Pengyu Ni, Sandra Orchard, Xavier Roucou, Joel Rozowsky, Michel Salzet, Mauro Siragusa, Sarah Slavoff, Michal I Swirski, Nicola Ternette, Eivind Valen, Juan Antonio Vizcaino, Aaron Wacholder, Wei Wu, Zhi Xie, Yucheng T. Yang, Robert L. Moritz, Jonathan Mudge, Sebastiaan Heesch, John R Prensner, and Owen JL Rackham
    bioRxiv, 2025
  2. Multi-omic Characterization of HIV Effects at Single Cell Level across Human Brain Regions
    Junchen Yang, Kriti Agrawal, Jay Stanley, Ruiqi Li, Nicholas Jacobs, Haowei Wang, Chang Lu, Rihao Qu, Declan Clarke, Yuhang Chen, Yunzhe Jiang, Donglu Bai, Suchen Zheng, Howard Fox, Ya-chi Ho, Anita Huttner, Mark Gerstein, Yuval Kluger, Le Zhang, and Serena Spudich
    bioRxiv, 2025

2023

  1. The ENCODE4 long-read RNA-seq collection reveals distinct classes of transcript structure diversity
    Fairlie Reese, Brian Williams, Gabriela Balderrama-Gutierrez, Dana Wyman, Muhammed Hasan Çelik, Elisabeth Rebboah, Narges Rezaie, Diane Trout, Milad Razavi-Mohseni, Yunzhe Jiang, Beatrice Borsari, Samuel Morabito, Heidi Yahan Liang, Cassandra J. McGill, Sorena Rahmanian, Jasmine Sakr, Shan Jiang, Weihua Zeng, Klebea Carvalho, Annika K. Weimer, Louise A. Dionne, Ariel McShane, Karan Bedi, Shaimae I. Elhajjajy, Sean Upchurch, Jennifer Jou, Ingrid Youngworth, Idan Gabdank, Paul Sud, Otto Jolanki, J. Seth Strattan, Meenakshi S. Kagda, Michael P. Snyder, Ben C. Hitz, Jill E. Moore, Zhiping Weng, David Bennett, Laura Reinholdt, Mats Ljungman, Michael A. Beer, Mark B. Gerstein, Lior Pachter, Roderic Guigó, Barbara J. Wold, and Ali Mortazavi
    bioRxiv, 2023

Peer-reviewed Paper

2025

  1. The human and non-human primate developmental GTEx projects
    Tim H. H. Coorens, Amy Guillaumet-Adkins, Rothem Kovner, Rebecca L. Linn, Victoria H. J. Roberts, Amrita Sule, Patrick M. Van Hoose, and  the dGTEx Consortium
    Nature, Jan 2025
  2. Complex genetic variation in nearly complete human genomes
    Glennis A. Logsdon, Peter Ebert, Peter A. Audano, Mark Loftus, David Porubsky, Jana Ebler, Feyza Yilmaz, Pille Hallast, Timofey Prodanov, DongAhn Yoo, Carolyn A. Paisie, William T. Harvey, Xuefang Zhao, Gianni V. Martino, Mir Henglin, Katherine M. Munson, Keon Rabbani, Chen-Shan Chin, Bida Gu, Hufsah Ashraf, Stephan Scholz, Olanrewaju Austine-Orimoloye, Parithi Balachandran, Marc Jan Bonder, Haoyu Cheng, Zechen Chong, Jonathan Crabtree, Mark Gerstein, Lisbeth A. Guethlein, Patrick Hasenfeld, Glenn Hickey, Kendra Hoekzema, Sarah E. Hunt, Matthew Jensen, Yunzhe Jiang, Sergey Koren, Youngjun Kwon, Chong Li, Heng Li, Jiaqi Li, Paul J. Norman, Keisuke K. Oshima, Benedict Paten, Adam M. Phillippy, Nicholas R. Pollock, Tobias Rausch, Mikko Rautiainen, Yuwei Song, Arda Söylev, Arvis Sulovari, Likhitha Surapaneni, Vasiliki Tsapalou, Weichen Zhou, Ying Zhou, Qihui Zhu, Michael C. Zody, Ryan E. Mills, Scott E. Devine, Xinghua Shi, Michael E. Talkowski, Mark J. P. Chaisson, Alexander T. Dilthey, Miriam K. Konkel, Jan O. Korbel, Charles Lee, Christine R. Beck, Evan E. Eichler, and Tobias Marschall
    Nature, Aug 2025

2024

  1. GENCODE 2025: reference gene annotation for human and mouse
    Jonathan M Mudge, Sílvia Carbonell-Sala, Mark Diekhans, Jose Gonzalez Martinez, Toby Hunt, Irwin Jungreis, Jane E Loveland, Carme Arnan, If Barnes, Ruth Bennett, Andrew Berry, Alexandra Bignell, Daniel Cerdán-Vélez, Kelly Cochran, Lucas T Cortés, Claire Davidson, Sarah Donaldson, Cagatay Dursun, Reham Fatima, Matthew Hardy, Prajna Hebbar, Zoe Hollis, Benjamin T James, Yunzhe Jiang, Rory Johnson, Gazaldeep Kaur, Mike Kay, Riley J Mangan, Miguel Maquedano, Laura Martínez Gómez, Nourhen Mathlouthi, Ryan Merritt, Pengyu Ni, Emilio Palumbo, Tamara Perteghella, Fernando Pozo, Shriya Raj, Cristina Sisu, Emily Steed, Dulika Sumathipala, Marie-Marthe Suner, Barbara Uszczynska-Ratajczak, Elizabeth Wass, Yucheng T Yang, Dingyao Zhang, Robert D Finn, Mark Gerstein, Roderic Guigó, Tim J P Hubbard, Manolis Kellis, Anshul Kundaje, Benedict Paten, Michael L Tress, Ewan Birney, Fergal J Martin, and Adam Frankish
    Nucleic Acids Research, Nov 2024
  2. Epitope-anchored contrastive transfer learning for paired CD8+ T cell receptor–antigen recognition
    Yumeng Zhang, Zhikang Wang, Yunzhe Jiang, Dene R Littler, Mark Gerstein, Anthony W Purcell, Jamie Rossjohn, Hong-Yu Ou, and Jiangning Song
    Nature Machine Intelligence, Oct 2024
  3. Single-cell genomics and regulatory networks for 388 human brains
    Prashant S. Emani, Jason J. Liu, Declan Clarke, Matthew Jensen, Jonathan Warrell, Chirag Gupta, Ran Meng, Che Yu Lee, Siwei Xu, Cagatay Dursun, Shaoke Lou, Yuhang Chen, Zhiyuan Chu, Timur Galeev, Ahyeon Hwang, Yunyang Li, Pengyu Ni, Xiao Zhou, PsychENCODE Consortium, Trygve E. Bakken, Jaroslav Bendl, Lucy Bicks, Tanima Chatterjee, Lijun Cheng, Yuyan Cheng, Yi Dai, Ziheng Duan, Mary Flaherty, John F. Fullard, Michael Gancz, Diego Garrido-Martín, Sophia Gaynor-Gillett, Jennifer Grundman, Natalie Hawken, Ella Henry, Gabriel E. Hoffman, Ao Huang, Yunzhe Jiang, Ting Jin, Nikolas L. Jorstad, Riki Kawaguchi, Saniya Khullar, Jianyin Liu, Junhao Liu, Shuang Liu, Shaojie Ma, Michael Margolis, Samantha Mazariegos, Jill Moore, Jennifer R. Moran, Eric Nguyen, Nishigandha Phalke, Milos Pjanic, Henry Pratt, Diana Quintero, Ananya S. Rajagopalan, Tiernon R. Riesenmy, Nicole Shedd, Manman Shi, Megan Spector, Rosemarie Terwilliger, Kyle J. Travaglini, Brie Wamsley, Gaoyuan Wang, Yan Xia, Shaohua Xiao, Andrew C. Yang, Suchen Zheng, Michael J. Gandal, Donghoon Lee, Ed S. Lein, Panos Roussos, Nenad Sestan, Zhiping Weng, Kevin P. White, Hyejung Won, Matthew J. Girgenti, Jing Zhang, Daifeng Wang, Daniel Geschwind, and Mark Gerstein
    Science, Oct 2024

2023

  1. The EN-TEx resource of multi-tissue personal epigenomes & variant-impact models
    Joel Rozowsky, Jiahao Gao, Beatrice Borsari, Yucheng T. Yang, Timur Galeev, Gamze Gürsoy, Charles B. Epstein, Kun Xiong, Jinrui Xu, Tianxiao Li, Jason Liu, Keyang Yu, Ana Berthel, Zhanlin Chen, Fabio Navarro, Maxwell S. Sun, James Wright, Justin Chang, Christopher J.F. Cameron, Noam Shoresh, Elizabeth Gaskell, Jorg Drenkow, Jessika Adrian, Sergey Aganezov, François Aguet, Gabriela Balderrama-Gutierrez, Samridhi Banskota, Guillermo Barreto Corona, Sora Chee, Surya B. Chhetri, Gabriel Conte Cortez Martins, Cassidy Danyko, Carrie A. Davis, Daniel Farid, Nina P. Farrell, Idan Gabdank, Yoel Gofin, David U. Gorkin, Mengting Gu, Vivian Hecht, Benjamin C. Hitz, Robbyn Issner, Yunzhe Jiang, Melanie Kirsche, Xiangmeng Kong, Bonita R. Lam, Shantao Li, Bian Li, Xiqi Li, Khine Zin Lin, Ruibang Luo, Mark Mackiewicz, Ran Meng, Jill E. Moore, Jonathan Mudge, Nicholas Nelson, Chad Nusbaum, Ioann Popov, Henry E. Pratt, Yunjiang Qiu, Srividya Ramakrishnan, Joe Raymond, Leonidas Salichos, Alexandra Scavelli, Jacob M. Schreiber, Fritz J. Sedlazeck, Lei Hoon See, Rachel M. Sherman, Xu Shi, Minyi Shi, Cricket Alicia Sloan, J Seth Strattan, Zhen Tan, Forrest Y. Tanaka, Anna Vlasova, Jun Wang, Jonathan Werner, Brian Williams, Min Xu, Chengfei Yan, Lu Yu, Christopher Zaleski, Jing Zhang, Kristin Ardlie, J Michael Cherry, Eric M. Mendenhall, William S. Noble, Zhiping Weng, Morgan E. Levine, Alexander Dobin, Barbara Wold, Ali Mortazavi, Bing Ren, Jesse Gillis, Richard M. Myers, Michael P. Snyder, Jyoti Choudhary, Aleksandar Milosavljevic, Michael C. Schatz, Bradley E. Bernstein, Roderic Guigó, Thomas R. Gingeras, and Mark Gerstein
    Cell, Mar 2023

2022

  1. GENCODE: reference annotation for the human and mouse genomes in 2023
    Adam Frankish, Sílvia Carbonell-Sala, Mark Diekhans, Irwin Jungreis, Jane E Loveland, Jonathan M Mudge, Cristina Sisu, James C Wright, Carme Arnan, If Barnes, Abhimanyu Banerjee, Ruth Bennett, Andrew Berry, Alexandra Bignell, Carles Boix, Ferriol Calvet, Daniel Cerdán-Vélez, Fiona Cunningham, Claire Davidson, Sarah Donaldson, Cagatay Dursun, Reham Fatima, Stefano Giorgetti, Carlos Garcıa Giron, Jose Manuel Gonzalez, Matthew Hardy, Peter W Harrison, Thibaut Hourlier, Zoe Hollis, Toby Hunt, Benjamin James, Yunzhe Jiang, Rory Johnson, Mike Kay, Julien Lagarde, Fergal J Martin, Laura Martínez Gómez, Surag Nair, Pengyu Ni, Fernando Pozo, Vivek Ramalingam, Magali Ruffier, Bianca M Schmitt, Jacob M Schreiber, Emily Steed, Marie-Marthe Suner, Dulika Sumathipala, Irina Sycheva, Barbara Uszczynska-Ratajczak, Elizabeth Wass, Yucheng T Yang, Andrew Yates, Zahoor Zafrulla, Jyoti S Choudhary, Mark Gerstein, Roderic Guigo, Tim J P Hubbard, Manolis Kellis, Anshul Kundaje, Benedict Paten, Michael L Tress, and Paul Flicek
    Nucleic Acids Research, Nov 2022